У вас поля "{{%phone}}.company" и "{{%company}}.name" не индексные, поэтому внешняя связь и не создается.
И зачем вы делаете связь по полям "{{%phone}}.company" и "{{%company}}.name"? У вас же есть primaryKey в каждой таблице.
Я бы сделал так:
public function up()
{
$tableOptions = null;
if ($this->db->driverName === 'mysql') {
$tableOptions = 'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci ENGINE=InnoDB';
}
// Организации
$this->createTable('{{%company}}', [
'id' => $this->primaryKey(),
'name' => $this->string(),
'code' => $this->string(),
'city' => $this->string(),
'address' => $this->string(),
'schedule' => $this->string(),
'link' => $this->string(),
], $tableOptions);
// Телефоны
$this->createTable('{{%phone}}', [
'id' => $this->primaryKey(),
'company_id' => $this->integer(),
'number' => $this->string(),
], $tableOptions);
$this->createIndex('idx-phone-company_id', '{{%phone}}', 'company_id');
$this->addForeignKey("fk-phone-company", "{{%phone}}", "company_id", "{{%company}}", "id", 'SET NULL', 'RESTRICT');
}
