То, что файл ссылается на обработанную картинку - так оно и должно быть, в том и смысл loader'ов. А вот то, что она бьётся - может быть по разным причинам. Обычно такое происходит когда в цепочку loader'ов случайно встраивается левый. Чисто глядя на конфиг сложно что-то сказать, по хорошему нужен полноценный проект-пример на потыкать.
Навскидку разве чтоtest: /\.js/
, бросается в глаза, так как нет $
в конце, а значит может цеплять лишнего, но по идее тогда babel
должен ругаться...