Так ведь не пользоваться рашкинскими регистраторами (просто о них забыть, ибо зачем, проблемы будут обязательно, это просто вопрос времени, плюс с вероятностью 90% снимут с делегирования даже без решения органов если вдруг ресурс кому-то будет мешать) и пользовать услугу Private Person, стоит копейки, для зоны .com точно имеется, а зарубежным регистраторам (тебе нужен регистратор, а не хостинг, не путай. Некоторые хостинги являются регистраторами, но только если очень крупные как GoDaddy) вообще все-равно до твоих паспортных данных, ибо в любой цивилизованной стране опасность представляют только террористы, а не народ. Но я думаю это ты и без меня понимаешь. Надеюсь.

Вы были всего в минуте от решения: по некоторым историческим причинам слеша должно быть два :/

str_replace ('[', '\\[', $query)

Главная ошибка разрабов в том, что они знают только file_get_contents и пытаются им сделать все, вплодь до cURL. Пользуйте стандартные инструменты для работы с FTP: php.net/manual/ru/book.ftp.php, там и контроль ошибок есть, и сертификаты, и все что нужно. И да, в отличиии от file_get_contents они скажут что не так.