Узнайте другие функции модуля os, особенно присмотритесь к os.path.
Если "другая программа" тоже скрипт на пютоне, то импортируйте его, а не вызывайте через os.
Для временных файлов есть специальный модуль tempfile, используйте если создание промежуточного файла всё-таки неизбежно.
Чтобы получить конкретный ответ на вопрос - покажите код программы и трейсбек ошибки.
Ты проверяешь не существование переменной, а Истинна ли она или Ложна.
Возможно стоит не удалять переменную, а присваивать ей None или же вообще избегать взаимодействий с удалённой переменной.
