Мне кажется, тут надо разбить все на классы для удобства, а то тут у вас каша. Например, подключение к БД можете реализовать как синглтон, а модели, если вы будете следовать паттерну ActiveRecords брать как записи в таблице БД. То есть абстрактный класс модель и есть конкретный класс user, который расширяет модель. У модели user есть статические методы user::store(), user::get() и т.д. Для View можете применить паттерн фасад, то есть он дает понятный интерфейс управления несколькими классами. Кроме того, надо было бы еще вам роуты добавить и лучше внести в отдельный класс, а каждый роут будет являться экземпляром класса роуты. Лучше всего, MVC понятен при использовании фреймворков, попробуйте Laravel. То что я написал не претендует на абсолютную истинность и был написан от человека с уровнем джуна, так что ставьте под сомнение, мою писанину.