Олег

через $_FILES никак.
смотрим https://github.com/MattKetmo/darkroomjs
save: {
callback: function() {
this.darkroom.selfDestroy(); // Cleanup
var newImage = dkrm.canvas.toDataURL();
в этой переменной оказывается строчка
data:image/jpeg;base64,/9j/4AAQSkZJ
ее можно передать на сервер .
пишите скрипт, который ее будет принимать . разбирать и сохранять в нужное место

но если вы знаете js лучше php, то можете
собрать корректный пост запрос к серверу.

выбрал php(просто потому что инфы и примеров много в сети)

Как я понимаю PHP в чистом виде вы не знаете.
Также тяжело оценивать ваш уровень знания программирования без привязки к языку.
Порог входа в PHP, конечно низкий, но все равно годик у Вас на это уйдет.
Без изучения фреймворка Вы очень долго будете писать велосипеды.
p.s. Выбор первого фреймворка сильно повлияет на Вас как специалиста.
Советую бегло ознакомиться с Codeigniter . Когда модель mvc станет для вас привычной, переходите к симфони или лаверал. YII не советую - имхо не сможете воспринимать, что-то другое.

антивирусу папку денвера в исключение добавь.
Или сперва протестируй, что это он виноват.