через $_FILES никак.
смотрим
https://github.com/MattKetmo/darkroomjs
save: {
callback: function() {
this.darkroom.selfDestroy(); // Cleanup
var newImage = dkrm.canvas.toDataURL();
в этой переменной оказывается строчка
data:image/jpeg;base64,/9j/4AAQSkZJ
ее можно передать на сервер .
пишите скрипт, который ее будет принимать . разбирать и сохранять в нужное место
но если вы знаете js лучше php, то можете
собрать корректный пост запрос к серверу.