Админка это просто интерфейс для работы с api ( которое реализует crud операции над моделями ). Поэтому не совсем ясно что значит разделить админку от api. По сути есть только апи и фронты работающие с разными частями ( необходимыми ) апи. Модели в любом случае на стороне бэка. Или я не совсем понял вопрос?

Можно добавить
const childeLen = parent.childeNodes.length;
let countClick = 0;
При каждом нажатии на блок делать countClick++ и сравнивать с childeLen если они равны то это был последний блок.

Да. Только перед db.users.find(), нужно будет выбрать базу данных use "название базы". Название базы указывается в mongoose.connect() ( в первом параметре где строка с url монги ). Посмотреть все доступные базы в монге show databases