That's called "steal" time. It's CPU time that is unavailable to your instance due to other people making heavy use of the CPU on the same physical machine. Upon request, a decent VPS provider may move your instance to a host with less CPU contention;
Докер использует квотирование при помощи cgroups (опционально) и тогда можно отделять нагрузку моего сайта от чужих, не так ли?
#,
По причине того, что в случае использования общей СУБД для всех сайтов кто-то будет эксплуатировать ресурсы для своего приложения и это будет влиять и на остальные. Даже если установлено без Докера. Но с квотированием ресурсов производительность не должна страдать.
Кроме того, накладные расходы Докера не велики. Я думаю, для невысоконагруженных сайтов будет достаточно производительно.