Артем Марш, нужно разделить настройку git для GitHub от настройки соединения репозитория к Heroku.
GitHub хранит код в репозитории, а Heroku получает туда доступ для чтения кода и заливания новой версии на их хостинг.
Earphone, такие же проблемы могут быть и в фреймворках на Java/.NET/и т.д. Там может просто тупо сотни мегабайт данных скачиваться с СУБД. Я не могу знать что там в приложении.