Нужно профилировать запросы к СУБД и выяснять что нагружает её. Может, что-то разовое/периодическое (планировщик задач), а может и какая-то нагрузка от запросов пользователей, а тем более, ботов.
Гугль-боту можно указать с какой периодичностью сканировать сайт. Для этого нужно зарегистрироваться как хозяин сайта и в админке указать периодичность сканирования.