Если хочется добавить безопасность, то за это придется заплатить цену.
Чтобы было безопасно, нужно чтобы работа с SQLITE была под другим пользователем. А это означает что все запросы нужно выводить через отдельный (HTTP) API или другой прикладной сервис.
Хотя и это относительно. Если есть полный доступ к такому слою, то и к самим данным также. Просто напрямую доступа к файлу SQLITE не будет.