Микроконтроллер не понимает, а тупо исполняет инструкции. Это ваша программа должна правильно сконфигурировать аппаратный порт микроконтроллера, чтобы на его выходе появилась логическая единица и светодиод зажёгся.
Порядок действий отличается в зависимости от микроконтроллера. Где-то достаточно записать бит по определенному адресу памяти, где-то используются специальные ассемблерные команды для управления портами, и т.д.
Программируется всё это обычно на уровне абстракций, с использованием готовых библиотек. Тот же Arduino поглядите. Глубокие знания электроники требуются для разработки устройств с этими микроконтроллерами.
