Скорее всего twig закеширован - используйте команду в директории с проектом
php bin\console cache:clear
Или удалите директорию var/cache

Вы указываете дату и время меньше той которая была предыдущий раз. Получите эту сделку по апи и посмотрите какое значение храниться в параметре updated_at - вам надо передавать большее значение

<?php
ini_set('error_reporting', E_ALL);
ini_set('display_errors', 1);
ini_set('display_startup_errors', 1);
set_time_limit(0);

//бд
$bd = new PDO('mysql:dbname=test;host=localhost', 'testuser', 'G9y8v7', array(PDO::MYSQL_ATTR_INIT_COMMAND => "SET NAMES utf8"));

//получаем айди юзеров 
function user()
{
    global $bd;
    $stmt = $bd->query("SELECT `tg_id` FROM `user`");
    $data = $stmt->fetchAll();
    return $data;
}

$datas = user();
$error_count = 0;
//цикл
foreach ($datas as $value) {
    $id = $value['tg_id'];
    $message = "Test3";
    $tokken = "<TOKEN>";
    $filename = "https://api.telegram.org/bot" . $tokken . "/sendMessage?chat_id=" . $id . "&text=" . urlencode($message) . "&parse_mode=html";
    $check = @file_get_contents($filename);
    if ($check === false) {
        $error_count++;
    }
    sleep(1);
}
echo $error_count;

Не знаю на счет актуальности, но в предоставленном вами коде custom_fields не находится в массиве контакта.
Должно быть так:

$contacts['add'] = array(
   array(
      'name' => '[TEST CONTACT]' . thePostData('name'),
      'responsible_user_id' => 3438721,
      'created_by' => 3438721,
      // 'created_at' => "",
      'tags' => "some_tag",
      'custom_fields' => array(
         array(
            'id' => 285631, // phone
            'values' => array(
               array(
                  'value' => thePostData('phone'),
                  'enum' => "MOB"
               ),
            ),
         ),
         array(
            'id' => 285633, // email
            'values' => array(
               array(
                  'value' => thePostData('email'),
                  'enum' => 414339
               ),
            ),
         ),
      ),
   ),
);

Запрос:

GET https://<СУБДОМЕН>.amocrm.ru/ajax/v1/links/list?links[0][from]=leads&links[0][from_id]=<ID СДЕЛКИ>&links[0][to]=catalog_elements&links[0][from_catalog_id]=2&links[0][to_catalog_id]=<ID КАТАЛОГА>&USER_LOGIN=<ЛОГИН>&USER_HASH=<API ключ>

Вчера Amo выкатило обновление API - теперь достаточно отправить GET запрос такого вида:

https://example.amocrm.ru/api/v2/leads?with=catalog_elements_links

Почитать можно здесь