Есть бесплатная программа с открытым кодом способная надёжно зашифровать папку?
Внезапно - есть :) Даже две. На выбор - pgp и openssl. Вот тольк одна бяда - ты не указал, от кого собираешься защищаться.
Если от мамы - хватит и rar с паролем.
Если от работодателя - хватит и разговора с директором по безопасности (после чего сам все расшифруешь :) )
Если от государства - горячий паяльник в #опе - очень неприятная штука, зато вскрывает любые средства защиты