можно через очереди, можно просто команду запускать для выполнения (руками или по крону)
можно асинхронно как-то сделать, и результат через веб-сокет отдать
можно после запроса отдать ответ "ок" (ну или хтмл), но еще продолжать работать после разрыва соединения с Nginx
опишите подробнее задачу, и напишите, почему смущают очереди? очередь можно через БД кстати сделать