Здравствуйте,
Homkadesigner!
Мне кажется проблема кроется в отсутствии у линий нужного параметра "Constraints". Это я понимаю по вашим словам "Пропадают линии в Figma при уменьшении макета (фрейма).
Причем пропадают не все, а только часть линий."
Я приведу пример, как я понял ваш вопрос.
1. Вот у нас есть линии у них установлены стандартные настройки "Constraints". (Лево и Верх)

2. Если я захочу уменьшить фрейм, то произойдет такая ситуация.

Если я так понимаю суть вашей проблемы.
Для того, чтобы решить ее:
1. Нужно выделить все пунктиры и установить им в "Constraints" для параметра длины "Scale". Для того, чтобы их длина уменьшалась пропорционально макету или увеличивалась.
Например.
Ставлю такие настройки для пунктиров в "Constraints".

Пример №1 Я увеличиваю макет по размерам.

Пример №2 Уменьшаю макет и хочу обратить ваше внимание на то, что они остались пунктирами и все они находятся в зоне фрейма.

Настройки высоты для "Constraints" тогда подберете сами, они зависят от того с какой части вы уменьшаете макет.
Надеюсь мой ответ поможет вам.
Всего доброго.