поставить nofollow средставим html нельзя, можно только посредством js
На мой взгляд что-то приверчивать на JS очень глупо -
поисковики не запускают JavaScript, а лишь кушают исходный HTML-вариант страницы. (А вот к CSS с недавних пор прислушиваются)
птичка нашептала, что это работает для Яндекса, а гугл его игнорирует
Не смотря на поддержку Яндекса rel="nofollow" использовать <noindex></noindex> всё-равно необходимо - будет закрываться именно блок, а не только ссылки.
Можете подсказать решение или написать маленький кодик, который бы всем ссылкам устанавливал rel nofollow?
Самый беспроигрышный вариант - придумать как к "автоматически генерируемому содержимому" добавить атрибуты rel="nofollow". Если ознакомите нас с частью кода, которая отвечает за "автоматическую генерацию содержимого", возможно, мы сможем вам подсказать. А вот гадать каким образом они у вас генерируются тут никто не будет :)
Важно понимать - rel="nofollow" и <noindex></noindex> являются ознакомительными для поисковиков. Конечное решение что делать с элементами, содержащими эти теги и атрибуты, принимают сами поисковые системы.