Для установки OS windows и софта можно использовать бесплатный MDT или платный SCSM (сейчас он dhjlt по другому называется) Даже в MDT можно автоматизировать до (даже без клика), обновление ос с сохранением пользовательских данных и настроек программ, форматирование диска, установка новой ос, восстановление пользовательских данных и настроек программ. Я такое не делал, но пример как это сделать в интернете можно найти, самое сложное в этом это дописать для неизвестных программ XML для USMT.