Папки
node_modules, public, и др.
не относятся к бэкэнду, это все зависимости и необходимые для работы фронт приложения вещи.
Создав проект вы пишите свой код в папке "src" или что то вроде, после компиляции проекта у вас в папке "dist"(во всяком случае при использовании Vue, по умолчанию эта папка) будет находиться готовая версия, которая уже сможет запускаться без лишних зависимостей из других папок, типа "node_modules".
Но и после компиляции и до компиляции вы можете использовать любой бэкэнд, хоть PHP хоть что либо еще.