Есть такие замечательные утилиты как sed, awk, grep и их комбинация.
Но вообще то 'внешнего файла правил, в котором допустимы регулярные выражения' определит инструмент
Проще всего скрипт приложение на любом любимом языке программирования.
Возможно, подойдет nhrt.exe в режиме list (замены по списку из внешнего файла): nhrplc.exe -list:replace_list.txt a*.txt
В файле списка могут быть и регулярные выражения, и простой текст: