встройте проверку в /var/www/python/x/run.sh
проверяйте наличие лок файла (лучше пид процесса в него ложить) - если файл есть. выходим из скрипт, если файла нет - создаем и запускаем питон, после чего файл удаляем.
Продвинутая фича - проверять не только наличие лок файла, но и наличие процесса по PID, который в файл положили