скорее всего у вас query_log, metrics_log и т.п. системные таблицы растут
для них можно здать TTL
https://clickhouse.tech/docs/en/operations/server-...
проверить что именно занимает место на диске можно через
SELECT database, table, formatReadableSize(sum(bytes_on_disk)) FROM system.parts GROUP BY database, table
и через
SELECT database, name, engine_full, formatReadableSize(total_bytes) FROM system.tables;