А зачем разные домены, если можно просто сделать выпадающее поле "Регион", которое определять автоматически, и менять контент под него (например, валюту, способы доставки и оплаты). Вы боитесь, что россияне не станут покупать на .com.ua?
Если же очень надо - делайте домены, на входе на сайт перекидывайте пользователя на соответствующий домен, а в Google Webmaster Tools добавьте все домены и один из них назначьте главным, связав с остальными. Тогда поисковик будет знать, что с ними делать.