Если вы получаете сообщение из события 'message', то в обработчик этого события передается объект-сообщение.
У него доступен метод delete.
Функция для создания отложенной процедуры в js -
setTimeout().
Если объект сообщение не доступен по какой-то причине, его, соответственно, нужно получить.
У каждой сущности Discord API есть свой уникальный ключ. У роли, юзера, и даже сообщения.
Судя по вопросу, речь идет об конкретном сообщении.
Если вы уже ранее имели в распоряжении объект message, запишите его поле id куда-то.
// channel - объект канала, snowflake - id сообщения
channel.messages.fetch(snowflake)
.then( message => message.delete() )
Не забудьте реализовать проверку на undefined в then и остальные кейсы.
Если сообщение ранее нигде ранее не появлялось (ни в одном обработчике событий, таких как message), тогда придется искать среди сообщений канала.
Либо динамически
Либо из кэша