0) Для начала определитесь с префиксами объектов для своего расширения - это обязательно нужно сделать, чтобы избежать конфликтов имен в будущем. Предположим вы решили, что это будет "расш1_".
1) Пусть у вас в Документе есть новые реквизиты Поле1, Дата1 и Дата2. Добавляйте в расширении реквизиты расш1_Поле1, расш1_Дата1 и расш1_Дата2.
2) После применения расширения вам нужно будет пройтись по всем документам, в которых заполнены реквизиты Поле1, Дата1, Дата2, и перенести их значения в новые реквизиты из расширения.
3) Теперь можете безболезненно удалять старые реквизиты документа и переписывать код, чтобы взаимодействие было с новыми реквизитами вместо старых.