Куда копать и что чинить - я бы просто пересоздал домен, ввел всё ещё незараженные машины в новый домен, а старый КД выключил и стер, если он ВМ. И на новом КД как минимум поставил бы политику, запрещающую SMB1 для сервера, особенно если это 2008R2 - скорее всего, прилез червяк по SMB1. Если нет такой возможности - развернуть ещё КД, ввести в домен, dcpromo, перекинуть роли, потом остановить сломанный КД и проверить, работает ли домен. Если да, ОК, иначе чинить репликацию и потом всё равно прибить поеденный вирусом инстанс.