Немного извращенное решение, но можно попробовать.
В контейнере создайте пользователя с такими же uid/gid, как хостовый пользователь. Далее, запускаете контейнер, как обычно (запуск произойдет от root-пользователя). После этого, запускаете все службы (php-fpm, nginx и т.д.) и при помощи su 'user' переключаетесь на созданного пользователя.