VMware vSphere - это платформа виртуализации, состоит из гипервизоров ESXi, сервера vCenter и кучи различных удобных штук для автоматизации управления всей инфраструктурой, подробнее
www.vmware.com/products/vsphere/. Скорее всего вы имеете ввиду сервер VMware vCenter. Это центр управления всей виртуальной инфраструктурой, поставляется как в виде Windows приложения, так и в виде готовой ВМ. В вашем случае, насколько я понял, физических серверов несколько, поэтому ничто не мешает вам развернуть его в виде виртуальной машины и настроить для этой ВМ High Availability, то есть даже в случае выхода из строя физического хоста ВМ автоматом запуститься на другом. Также рекомендую вам сразу создать и сконфигурировать Distibuted vSwitch, чтобы не испытывать проблем с сетью при миграции ВМ с одного хоста на другой, подробнее -
www.vmware.com/ru/products/vsphere/features-distri... .
Нужно ли перед установкой гипервизора на сервер, устанавливать ОС ? Гипервизор ESXi ставиться на голое железо.
А так же не могу понять как работаю приложения внутри каждой ВМ : на каждую ВМ ставится отдельно приложение или его достаточно установить на СХД и ВМ будут его загружать оттуда (при условии что используется одно и тоже приложение) ? Не совсем понятно как вы себе представляете установку приложения на СХД. На СХД вы можете создать диск, подключить его к ВМ и на него в свою очередь уже ставить приложения. Если используются ВМ с одинаковыми установленными приложениями, то никто не мешает вам просто клонировать одну изначально сконфигурированную ВМ.