Можно ли делать запросы сразу в два Bitrix24?
Что такое "rest-запрос"? Это обычный HTTP запрос к определенному URI со указанием данных доступа.
Поэтому отвечаю на ваш поставленный вопрос: можно делать почти сразу (там все же будет задержка, пусть и небольшая) запросы даже в несколько Битрикс24.
Я пробовал подключать 2 файла с rest api, что бы они не путались переименовал класс, но не прокатывает
Если вы говорите о библиотеке CRest которую официально поддерживает битрикс, то она не предусматривает выполнение запросов к разными Битрикс24.
Вам все равно придется ее доработать.
К слову сказать, ни одна библиотека из коробки не предоставляет вам таких возможностей.