Какой демон? iptables это не демон. Этот сервис просто загружает сохранённые правила из файла при старте, а при остановке ничего не делает (либо очищает таблицы, в зависимости от настройки).
Чтобы сохранить текущие загруженные правила, надо просто вызвать netfilter-persistent save.
Если после перезагрузки в iptables -L есть нужные правила, то всё работает правильно.