В Visio (даже 2003) никаких проблем — сперва рисуем скольно нужно кругов, выделяем их всех, потом делаем через меню Shapes -> Operations -> Fragment. Получаются кусочки, которые потом можно красить как угодно.
Ключевое слово — «векторный редактор». Inkscape, Corel Draw, Adobe Illustrator. Ну и Visio покатит и возможно программа рисования в OpenOffice или каком-то другом Office.
Способ 1. Описан выше для Visio. С помощью логических операций получать пересение кругов.
Способ 2. Делать круги полупрозрачными.