Может, я чего-то не понял, но...
spring-boot-maven-plugin делает это не просто, а очень просто
<build>
<plugins>
<plugin>
<groupId>org.springframework.boot</groupId>
<artifactId>spring-boot-maven-plugin</artifactId>
<version>${spring-boot.version}</version>
<executions>
<execution>
<goals>
<goal>repackage</goal>
</goals>
<configuration>
<mainClass>${application.mainClass}</mainClass>
</configuration>
</execution>
</executions>
</plugin>
</plugins>
</build>
полученный jar можно запускать без указания конкретного класса (запустится то, что указано в application.mainClass):
java -jar application.jar
Более того, если добавить к плагину флаг
<configuration>
<executable>true</executable>
</configuration>
то сам архив станет исполняемым и его можно запустить напрямую
./application.jar 
Простой
