Ничего не понял, но в Юнити префабы в префабах работают без проблем - родительский префаб, в нём дочерний другой префаб.
Или вам не понятно, почему в сцене в префабе есть переменная, а при создании экзмпляра префаба нету? Ну так и дожно быть, ведь префаб это шаблон, в сцене у вас объект по сути (а не префаб), созданный по шаблону - экземпляр префаба. А в шаблон нельзя поместить ссылку на объект со сцены, т.к. шаблон не в сцене, её для него не существует.
В таком случае тот скрипт, что создает экземпляр префаба пусть ищет нужные объекты в сцене и отправляет их сразу в переменные экземпляра префаба.