Сам же задал вопрос, сам же и отвечу)))) Помогли на сторонних форумах.
РЕШЕНИЕ:
в чанке msCart найти кнопку очистки корзины, в моем случае это будет
<form method="post">
<button type="submit" name="ms2_action" value="cart/clean" class="btn btn-danger">Очистить</button>
</form>
нужно добавить атрибут action к form
<form method="post" action="/">
<button type="submit" name="ms2_action" value="cart/clean" class="btn btn-danger">Очистить</button>
</form>
Цитирую Алексея, который помог))
Скрипт минишопа смотрит в action формы кнопки очистки корзины, если его нет — подставляет из своих настроек. Это касается именно кнопки очистки. Если товары удалять по очереди, то тут либо плагин, либо — правка js-файла, как описывал выше.
