wolverine777
@wolverine777

Как добавлять номер к выходному файлу итерацией?

Привет, у меня есть в директории B4627 три файла:

1_S_R1_001.fastq.gz
2_S_R1_001.fastq.gz
3_S_R1_001.fastq.gz


Мне необходимо чтобы мой скрипт провел с каждым из файлов операцию и на выходе был соответствующий файл exit_1.sam, exit_2.sam, exit_3.sam

#!/bin/bash

for FILE in *R1_001.fastq.gz;

do
BASENAME=${file%%_R1_001.fastq.gz*}
        echo   "bowtie2 -x covexp -U B4627/$FILE -S exit.sam" ;
done


Чтобы отделить цифры в файлах - могу пока что только такое сообразить:

ls -l | awk '{print $9}' | sed 's/_S.*$//'

что мне надо добавить в exit.samв скрипте чтобы с каждым файлом выводилась только его цифра?

Спасибо

P.S. Разумеется, echo в скрипте - исключительно для проверки, нормально ли работает цикл..
  • Вопрос задан
  • 78 просмотров
Пригласить эксперта
Ответы на вопрос 1
planc
@planc
for i in *R1_001.fastq.gz;do basename $i _S_R1_001.fastq.gz;done
Ответ написан
Ваш ответ на вопрос

Войдите, чтобы написать ответ

Войти через центр авторизации
Похожие вопросы