Как добавлять номер к выходному файлу итерацией?

Question

[wolverine777]

Привет, у меня есть в директории B4627 три файла:

1_S_R1_001.fastq.gz
2_S_R1_001.fastq.gz
3_S_R1_001.fastq.gz

Мне необходимо чтобы мой скрипт провел с каждым из файлов операцию и на выходе был соответствующий файл exit_1.sam, exit_2.sam, exit_3.sam

#!/bin/bash

for FILE in *R1_001.fastq.gz;

do
BASENAME=${file%%_R1_001.fastq.gz*}
        echo   "bowtie2 -x covexp -U B4627/$FILE -S exit.sam" ;
done

Чтобы отделить цифры в файлах - могу пока что только такое сообразить:

ls -l | awk '{print $9}' | sed 's/_S.*$//'

что мне надо добавить в exit.samв скрипте чтобы с каждым файлом выводилась только его цифра?

Спасибо

P.S. Разумеется, echo в скрипте - исключительно для проверки, нормально ли работает цикл..

Answer 1

[planc]

for i in *R1_001.fastq.gz;do basename $i _S_R1_001.fastq.gz;done

Comments

[wolverine777]

Спасибо за ответ... но я не пойму где же номер? Этот цикл просто выводит все что в папке с расширением *R1_001.fastq.gz - это то что уже в скрипте есть..

[planc]

wolverine777, basename - это бинарник, которому дают на вход имя и суффикс и он отдает что осталось
какие другие цифры нужны ?

% touch {1,2,3,4,5,6}_S_R1_001.fastq.gz

% ls -l

total 0
-rw-r--r-- 1 dka dka 0 Jan 25 00:46 1_S_R1_001.fastq.gz
-rw-r--r-- 1 dka dka 0 Jan 25 00:46 2_S_R1_001.fastq.gz
-rw-r--r-- 1 dka dka 0 Jan 25 00:46 3_S_R1_001.fastq.gz
-rw-r--r-- 1 dka dka 0 Jan 25 00:46 4_S_R1_001.fastq.gz
-rw-r--r-- 1 dka dka 0 Jan 25 00:46 5_S_R1_001.fastq.gz
-rw-r--r-- 1 dka dka 0 Jan 25 00:46 6_S_R1_001.fastq.gz

% for i in *R1_001.fastq.gz;do basename $i _S_R1_001.fastq.gz;done

1
2
3
4
5
6

#!/bin/env bash

for i in *R1_001.fastq.gz;

do
        z=$(basename $i _S_R1_001.fastq.gz)
        echo   "bowtie2 -x covexp -U B4627/$i -S exit_$z.sam" ;
done