Ничего не будет.
Дефрагментация - это операция перемещения файловых экстентов (блоков физического размещения) таким образом, чтобы они в конечном итоге объединялись, предпочтительно в один. Для этого обычно требуется как минимум две операции копирования: одна для перемещения блоков в свободное рабочее пространство на диске, чтобы можно было больше перемещаться, а другая для окончательного перемещения блоков на их предполагаемое место.
В такой парадигме данные никогда не удаляются с диска, поэтому операцию можно безопасно остановить даже в случае отключения питания.
Источник 
