Скорее всего, речь о
разрешениях. Как можно понять по ссылке, использовать его ты можешь только когда создаёшь собственный permission. Для чего это нужно? Например, чтобы защитить публичный ContentProvider от доступа приложений, подписанных другой подписью. Все свои приложения можно подписывать одной подписью, создать разрешение с android:protectionLevel="signature", установить его в ContentProvider, и тогда контент будет доступен только твоим приложениям.
Тот же механизм используют системные разрешения.
Защитить код от модификации это никак не поможет, вообще не связано.