Я веду репозиторий с JSDoc’ами под Eclipse JSDT (сойдёт и для других IDE) для разных проектов, которые я в работе использую: github.com/sergeche/jsdt-docs
Komodo IDE — не встречал ничего лучшего, или просто мало всего на пути попадалось? В любом случае -удовлетворяет всем желаниям) А уже в алфа 7 имеется поддержка node.js: announce