Самое лучшее решение из имеющихся - это pandoc, он поддерживает много форматов, но надо понимать, что не из любого в любой.
Самое тяжёлое - это из PDF конвертация неважно куда, кроме plain text (или другой формат, но при этом не играет роли сохранение "дизайна"). Даже если это true PDF (а не скан).