Конфиги должны быть настроены таким образом, чтобы они не хранились в искходном коде, а подставлялись в зависимости от окружения непосредственно на сервере.
Я обычно выносил значения в ENV переменные.
Таким макаром можно выпилить обычный конфиг к примеру.
<resources>
<resource>
<directory>src/main/resources</directory>
<filtering>true</filtering>
<excludes>
<exclude>**/application.properties</exclude>
</excludes>
</resource>
</resources>
Но как правильно конектится к внешнему.
Можно конешно зделать что-то вроде
@PropertySource(ignoreResourceNotFound=true, value="xxx")
но не уверен что это является правильно.