В свое время делал подобную переписку для сайта с использованием монго, + ко всему использовал редис как брокер сообщений. У меня была как раз схема с раздельным хранением диалогов и самих сообщений.
По-поводу, самой же монги, возможно нестабильный релиз был, но текла она у меня хорошо, до сих пор какие-то серьезные проекты опасаюсь на ней делать, кто может знает как сейчас ситуация?