Вариантов несколько, если нужно на PHP то используй, например куки
пишешь два разных css или один основной и два css типа light.css и dark.css
Дальше, например, вешаешь стиль по умолчанию на куки, а при переключении меняешь опцию стиля у юзера
а в темплейте делаешь проверку на куки и в зависимости от их выводишь подгрузку нужной css'ки