Не вполне понятно что за 2 системы и чем является ваш проект в них...
Если ваш проект можно назвать плагином для этих систем, то видится три варианта:
1. Создаете в "системах" папку своего проекта и добавляете ее в .gitignore. Клонируете в папку свой проект и работаете с ним как обычно. Т.е. у вас получается репозиторий внутри репозитория, но они друг про друга не знают.
2. Сделать ваш проект модулем тех "систем" с помощью git modules со всеми вытекающими.
3. Оформить ваш проект в виде внешнего модуля (npm, composer и т.п.) и инклюдить его в "системы".