kesl-setup.pl --autoinstall=<полный путь к исходному конфигурационному файлу>
В данном случае у вас не линукс устанавлвиает что-то с конфигурационным файлом а конкретно перловый скрипт kesl-setup.pl использует опцию --autoinstall и ожидает что параметром будет имя файла. Поэтому именно в этом случае понятно, что подставить что-то другое вместо имени файла нельзя, либо посмотреть и поправить перл скрипт.
Тоже касается и всех других программ - если они ждут имя файла, значит им нужно предоставить имя файла, если им можно скормить просто кусок текста, можно перенаправить кусок текста сгенерированного динамически.
Но в вашем случае - проще генерировать файл в /tmp
(возможно в директорию "tmp", но не возникнет ли ситуация что ОС именно сейчас решит почистить "tmp")?
ОС вообще не чистит /tmp - это задача вашего скрипта чистить /tmp
В общем случае, /tmp в линуксах монтируется как рамдиск в памяти и "автоматом" чистится при рестарте ОС.
Так что если ваш скрипт за собой не будет удалять сгенерированные файлы, то в /tmp можно смело хранить файлы до ребута.