Со сценария (я серьёзно).
Потом бумажные эскизы основных экранов, полное описание механики игрушки (как движется персонаж, что он делает, какое у него там здоровье, чем и в кого стреляет, какие апгрейды бывают и т. д.).
Потом поэтапно - под каждый пункт описания продумывается алгоритмическая реализация.
Потом выбирается платформа (движок). Изучается документация, можно ли (сложно ли) реализовать на этом движке всё задуманное. Возможно, на этом же этапе стоит подумать о создании графических элементов дизайна, пользовательского интерфейса и пр. Хотя бы в виде "болванок", которые впоследствии должны будут быть заменены на нормальную графику.
...
Вот примерно после этого можно начать писать какой-то программный код по уже продуманным на предыдущем этапе элементам реализации.
