Romanuss, если содержимое ветки не совпадает с рабочей копией, значит есть незакоммиченные изменения. Это же очевидно. Pull не затирает рабочую копию, а делает merge. Так что все правки остаются на месте даже после подкачки обновлений.
Актуализировать с веткой код в рабочем каталоге можно командой git reset --hard