Хотя бы раз! Загляните
сюда.
php_value session.cookie_httponly 1
php_value session.cookie_secure 1
1. Очистите все куки в браузере для тестового домена и, после запроса страницы, проверьте снова.
2. Всегда выводите текущие значения php-флагов для php-скрипта для того, чтобы быть уверенным, что они установлены в верные значения.
Или так, чтобы "налету" заменять любые куки из кода php-скрипта на безопасные:
1. Подключить в Apache
mod_headers
2. Добавить в .htaccess:
Header always edit Set-Cookie (.*) "$1; HTTPOnly"
или сразу для двух директив:
Header always edit Set-Cookie (.*) "$1; HTTPOnly; Secure"