освоил полностью Фронтенд
Нет, не освоили.
Но вот вопрос: как правильно разместить северные php-скрипты - в корневой каталоге или в отдельной папке?
Не совсем понятно что вы имеете в виду? У вас обычно на сервере в папке www лежат папки с сайтами, далее внутри уже все файлы сайта. PHP, все современные фреймворки обычно файл входа размещают в папку public. Можете скачать любой фреймворк и посмотреть его структуту (либо просто открыть какие-нибуть курсы, как правило один из первых уроков -это структура курса).
В целом, я бы рекомендовал бы вам немного посмотреть PHP, возможно бы сделать какой-то говнобложик, и заниматься дальше именно тем направлением, что больше понравилось.