В большинстве случаев, да.
Веб-приложения могут запускаться под самыми разными окружениями (ТВ, приставки, мобильные устройства, часы, и так далее), но так как приложения на базе веб-технологий, то, грубо, да, обычный сайт в другой обертке.
Другой разговор, что сайты работают самым разным образом, в то время как приложения обычно одностраничные.
Иногда бывает компиляция из JS в нативное приложение, и тогда приложение написано на JS, но в результате используются немного другой набор технологий.