Поисковики увидят. Тот же Crome и Яндекс Браузер точно отправляют данные с посещаемых url-ов. Если не хотите чтобы поддомен попал в индекс, то лучшим способом будет сделать белый список ip для которых разрешен вход, а все остальное блокировать. Файл роботс, заголовки noindex и т.п. являются лишь рекомендациями для поисковиков и частенько игнорируются.
Основной домен ни в коем случае не отключайте.